FDTはEclipseのプラグインとしても動作しますので、あらかじめ日本語化したEclipseにプラグインとしてFDTを導入して日本語化する方法があります。
ex.FDT を日本語環境で使う手順 ( Mac OS X Snow Leopard の場合 ) | FDT | log.sncr.jp

しかしながら、すでにFDT単体として動かしている環境に入れたい！ということで、別の方法でいくことにしました。
以下手順を追って説明します。
ちなみにFDTは既にインストール済みとします。
※FDTのインストール方法（windows）

Pleiades（Eclipse日本語化プラグイン）の入手

Pleiades – Eclipse プラグイン日本語化プラグイン
上記サイトよりPleiadesプラグインをダウンロードします。

派手なボタンでダウンロードを促す「Pleiades All in One 日本語ディストリビューション」からダウンロードしてしまいがちなのですが、こちらはあくまで日本語化されたEclipseパッケージです。
手っ取り早く日本語化されたEclipseが欲しい場合はこちらがオススメですが、今回は既にあるFDTを日本語化するので上記画像の赤枠で囲まれたところからPleiadesプラグインのみをダウンロードします。

PleiadesをFDTに適用する

ダウンロードしたPleiadesを解凍すると上記のようなファイル構成となります（背景色キモいとかいうな）。
この中から赤枠で囲まれた2つのフォルダの中身をFDTをインストールしたフォルダ内の同名のフォルダにコピーします（下記画像参照）。

FDT 3.iniを編集する

上記はFDTをインストールしたフォルダです。
赤枠で囲ったFDT 3.iniを編集することでPleiadesを有効化させます。
ダウンロードしたPleiadesのreadmeフォルダ内にあるreadme_pleiades.txtに詳しい編集方法が記載されていますが、手っ取り早く、下記の一文をFDT 3.iniの末に追加してください。

-javaagent:plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
(windowsの場合)

相対パスで指定する場合
-javaagent:../../../plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
絶対パスで指定する場合
-javaagent:/Applications/eclipse/plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
(macの場合)

設定は以上で終了です。
FDTを立ち上げると日本語化されているはずです！
ちなみに、私の環境（windows）では最新のFDTである3.5betaでも日本語化に成功しましたが、一部エラーが出るとの話もあるようですので、あくまで自己責任でお願いします。
あ！もし失敗して環境が壊れてしまっても戻せるように必ずバックアップをとってたから作業をしてください！